这一阶段，水下考古队员继续使用双瓶压缩空气，在水下工作中尽量使用全面罩和水下三方通话系统，保持与岸上控制台联络。同时，使用水下广播系统，每隔五分钟通报一次，为掌握水下工作时间提供了便利。现在文物发掘区域主要在一号舱和二号舱内进行。

　　水下绘图工作除继续绘制一号舱、二号舱外，还沿着基线向铁锚方向绘制沉船平面图, 目前已经完成了八个舱位的平面图。隔舱板支撑工作也是“南澳I号”考古队的工作重点。经测量，各舱位隔舱板之间间隔约80—85厘米。一号舱内的文物发掘深度1.1米,考虑到隔舱板存在坍塌的危险，考古队利用镀锌管和铁板，按照两个隔舱板的距离，做成可调节的支撑架支撑隔舱板，以保证沉船本体的安全和完整性。

　　文物的采集工作主要针对船体基线北端和不同舱位的表层文物。为区别不同舱位的文物，特别制作了大量标牌，由考古队员随身携带，在标牌上标注采集位置，并绑在存放文物的采集筐内，便于出水后进行文物登记。

　　为加强对出水文物的保护，考古队在文物库房安装了温湿仪，并由专人定期记录库房内环境变化情况。库房内的部分文物也进行了淡水脱盐处理。另外，中国文物遗产院、广东省博物馆还对瓷器、铁器、铜器、木块等进行取样，用于进行文物保护的实验室分析。