直到2007年5月份，潘谷西设计的一号方案才最终被采纳。在方案中，最让人关注的就是复建大报恩寺琉璃塔，据史料记载，明清时代，一些欧洲商人、游客和传教士来到南京后，都惊叹于大报恩寺琉璃塔的华美和高耸的气势，将其称为“南京瓷塔”，认为可与罗马大剧场、亚历山大古城、比萨斜塔等相媲美，赞为中世纪世界七大奇观之一。但1856年，在南京城南矗立了400多年的大报恩寺琉璃塔毁于战火。关于琉璃宝塔的高度原有两种说法，一种是78米，一种是85米，专家们比较认可的是78米。2008年4月，复建的塔身高度最后敲定，潘谷西表示，将比原塔“长高”30米，达到108米。

　　然而2008年7月份，在对大报恩寺地宫的考古发掘中，出人意料地发现了比大报恩寺早400年的长干寺地宫，还发掘了光彩夺目的七宝阿育王塔。意外的收获，让考古人员兴奋无比，却让大报恩寺遗址的规划陷入尴尬之中，要复建的是明代的大报恩寺，却在遗址上挖出了宋代的长干寺地宫，大报恩寺的复建计划也不得不再次推后，也因此引发了一些争议。

长干寺出土

遗址公园规划要不要改？

　　在原先的规划中，大报恩寺遗址这一片区的主题以复建大报恩寺琉璃塔为亮点，建设一个遗址公园，但长干寺地宫文物的出土显然影响原先的规划初衷，而原来要找的大报恩寺地宫也迟迟没有下落，成了一个谜。在这样的情况下，是坚持原来的主题，还是重新规划，也成了有争议的问题。