在清华赛艇队持续占有优势的情况下，2003年北大聘请了国家级教练员吴卫平做主教练，时任中国国家赛艇队总教练的周琦年担任北大赛艇队总教练。

　　至此，两校的赛艇对抗赛娱乐的性质逐渐淡化，竞技的色彩逐渐增强，甚至都像专业队一样开始了封闭集训。到后来，两校每年在赛艇队的投入都近百万元。

　　石运佳说：“学校从来没要求过赛艇的比赛一定要赢，胜负无所谓，赢了也没奖励。但赛艇队不这么想。以前两校的竞争都是在专业学术领域，在社会公众领域两校直接的竞争，只有赛艇比赛这一项。这个压力是以前没有预想到的。”

　　划的不是赛艇是寂寞

　　在西方国家人们从事赛艇更多的是一种优雅的享受，而在中国赛艇则是一个相对冷门的项目。

　　北大赛艇队队员关磊说，虽然赛艇队在北大所有运动队当中是取得荣誉最多的，但在同学中却是最陌生的，“除了每次比赛胜利后在图书馆前挂起的横幅能让人知道还有个赛艇队，可能有一半的同学连赛艇什么样都不知道”。

　　赛艇队运动员平时的力量训练在室内，而下水训练需要到郊区。“未名湖的水面长度，三桨就到头了。”关磊说。

　　对2005年入学的关磊来说，4年的大学生活假期几乎是零，时间最长的集训是在2007年，封闭集训了7个月。所以他们见到同学的机会也确实很少。

　　在出国比赛中，关磊发现：“赛艇在西方国家的受欢迎程度，就像兵乓球在中国的普及程度一样。”而且最大的差别是，在国外大学，赛艇运动员都自己买设备自己训练，纯粹是爱好。

　　关磊说，国内不能普及的原因之一是，“赛艇很贵，一条8人艇国产最便宜的也要20多万元，一条桨就4800元，一部专用划桨训练的机器16万元。个人根本喜欢不起。”

　　所以与国外院校相比，这项运动遭遇了水土不服，既无群众基础又无场地基础，“划的不是赛艇是寂寞。”关磊说。

　　没有了规则的比赛

　　虽然，北大和清华两校都不是搞竞技体育的，赛艇比赛的初衷也不是要搞竞技体育的比赛，但是比赛就要有输赢，参与其中很难说不在乎结果。尤其是双方实力差距不大时，就更难以平静对待。

　　2008年8月，在福建举行的比赛中，清华赛艇队超过北大3个艇身率先冲过了终点，而随后裁判长宣布，因清华有选手不符合本次比赛参赛资格规定，因此成绩无效，北大获胜。

　　2009年10月，在天津北大、清华赛艇队再次交手中，北大的一名选手也因参赛资格问题而被取消比赛成绩。而这次的比赛，成为了两校赛艇队最后一次比赛。因为，两校比赛中都曾使用专业运动员的事，被放到了桌面上。

　　在天津比赛的当晚，承办比赛的天津市政府举办庆功宴。在宴会上，当着天津市领导、水上运动管理中心领导、北大、清华两校领导及众多嘉宾的面，“请枪手参赛”的事被人“不合时宜”地提出来。据当事人回忆：“当时校领导脸上非常挂不住。”

　　就此，一个原本打算延续百年成为经典赛事的比赛，在过完它十岁生日之后早早夭折了。