《流星花园》按照有关部门的要求进行了删节，原版每集近70分钟，而删节版每集只有约50分钟，在外地播出时，连最后一集长达50分钟的拍摄花絮也一并剪掉。对于被删的部分内容，有观众提出了意见，认为是莫名其妙。而电视台表示，按照要求，《流星花园》电视版和碟版会有不同，删节通过有关部门统一进行，地方电视台并没有作更多删节，而删节是为了“剧情更加紧凑、节奏更快”。

　　删节举例

　　删情节道明寺去杉菜家里吃饭，刚刚进门，却又立刻出门，中间的情节被删掉了。电视编辑让道明寺饿了肚子。

　　删语言杉菜去参加上流社交宴会，被有钱同学讥笑一番，忽然她冲到了同学身边大喊：“这是你钓的凯子吗？啊哈哈……”厕所里杉菜无意听到同学关于钓凯子的谈话被删掉，所以这里杉菜发表的言论才会让人百思不得其解。

　　删歌曲在杉菜充满灰姑娘梦想的舞会上，杉菜跟几个男孩子跳舞，镜头转换，她抱着衣服，表情复杂地走在船舱里。杉菜和花泽类经典的背景歌曲《完美时刻》被删掉了，据称，这歌还是最受观众欢迎的插曲呢。

　　删初吻道明寺和杉菜歪打正着的经典初吻镜头也被删节，从道明寺整蛊杉菜到爱上杉菜，观众什么都也还没看到呢，道明寺和杉菜的感情就发生了微妙的根本性的变化，而后面又突然冒出来两个女生讥讽杉菜强吻道明寺的话，情节因删节而变得费解。

　　删花絮碟片版中最后一集除了十分钟的大结局之外，还令人惊喜地附赠了几十分钟的拍摄花絮。其中有主要演员谈拍摄甘苦的小故事，有经典台词回放，有拍摄中发噱的NG镜头。花絮被删令“流星迷”们大为不满。(新闻晚报)