第十二站
越秀南
越秀南站位于越秀南路与东园横路、挹翠路交汇路口。站址周边越秀南路交通繁忙，车流量大。
车站共设2个出入口，Ⅰ号出入口及Ⅰ号消防紧急疏散口并排设在车站的西北角，从站厅层直出地面；Ⅱ号出入口设在车站的东南角，为临时出入口，Ⅱ号出入口设为敞口式，与现挹翠路间留有人行道。
第十三站
东湖
东湖站为地下四层车站。车站主体位于东山湖公园内，紧邻东湖路东侧，车站呈东西走向布置。
车站设2个出入口：Ⅰ、Ⅱa号出入口位于东山湖公园内，东湖路东侧；Ⅱb号出入口设在东湖路西侧,东湖路商住楼前，Ⅱa号出入口设置残疾人楼梯牵引机。
第十四站
东山口
东山口站位于署前路下，车站沿署前路南北走向布置。该站为换乘站，和位于中山一路下部一号线东山口站进行换乘。
车站设置出入口2个。Ⅰ号出入口将原一号线东山口站Ⅰ号出入口拆迁,和广铁集团拟建综合楼结合重建作为一、六号线东山口站独立出入口，重建后Ⅰ号出入口接入广铁集团拟建综合楼地下一层，出入口设置在综合楼地面一层朝向署前路方向。Ⅱ号出入口位于车站明挖段的西北侧，拆除既有市政通道出入口设置，通道宽为5.5米，出入口宽为8米，该站残疾人楼梯升降机设置在该出入口。
第十五站
区庄
区庄站是广州市轨道交通五号线与六号线的换乘站，车站位于环市东路与农林下路交叉口，六号线站台位于农林下路下方。
该站共5个出入口，I号出入口与III号出入口通过北站厅3号通道与南、北站厅连通；II号出入口接入南站厅；IV号出入口接入北站厅：V号出入口接入北站厅。
第十六站
黄花岗
黄花岗站位于先烈中路下，车站北面为中国科学院广州分院幼儿园，西北角为中国科学院广州分院住宅，南侧为中国科学院广州分院。 据介绍，该站两个站厅为地面站厅，共有两个出入口。
第十七站
沙河顶
沙河顶站位于先烈东路与水荫路交汇处，呈东西走向，车站附近交通流量大，四周民房密集，西面为内环路入口。
车站为明挖双层岛式站台车站，站台宽10米。车站共设有3个出入口，Ia号出入口位于车站的西南面，Ib号出入口位于车站的东南面，Ⅱ号出入口在车站东端的顶板上,以解决先烈东路北侧客流乘车需要。
