院长高调公开举报，书记不公开回应
但真正让此事产生重大社会反响的，还是2010年9月中旬两篇“院长通告”被转贴到外网之后。
王亮军说，其实9月9日发的那篇“院长通告”早在一周前就已经写好，并且请了学校七八个熟悉内情的教职工看过，“已经改得滴水不漏了”。
这篇“院长通告”，他原本想在校内会议上讲，以此让学校广大教职工了解学校内情。然而，2010年9月9日这天，学校临时召开的一次党委、纪委委员全会却让他怒不可遏，决定将这篇文章发到校内办公网上，以此“揭开盖子”。
自2010年8月30日王亮军亲自主持指挥部工作后，他在新校区建设上开展工作的主要助手是学校纪检处长荣立和与基建处副处长林丽。然而，9月9日这天的党委、纪委全会上，一个名为“党委纪检小组”的调查组却抛出一份调查报告，认定林丽等人在新校区某些标段的“外墙砖采购”上存在问题，要求严处。
王亮军在会上驳斥了这份报告，认为调查组的成立和调查过程多处违反组织程序。会后，他越想越气愤：“如果我再不站出来说话，正直的、真正在干事的同志就要遭殃了。”他咨询校内有关人士，当得知学校校内办公网仅学校教职工有阅读权限，学生们看不到后，当晚9时左右，他就把这篇早已写好的文章以“院长通告001号”的形式发了出去。
“那时候我并非没有考虑后果，但是学校新校区建设停滞这么多年，学校损失这么大，我觉得有必要将这些公开，让广大教职工了解内情。”王亮军说，发布之前，他详细学习了教育部等部门发出的关于校务公开的文件，又找到中央领导关于这些方面的讲话，“我觉得这种做法是符合中央精神的，到了现在这个阶段，如果不揭开盖子，把新校区建设的来龙去脉和里面的问题说清楚，让广大教职工了解学校事务，参与学校规范管理，可能还会出事。”
同时，他强烈否认举报和发“院长通告”是为了跟党委书记争权夺利，他坚持认为自己是在跟“违法乱纪作斗争”。“我应在2011年5月退休，如果是为了争权夺利，为什么要在离到点只有几个月的时候才作出这样的举动”。
他说，发出这些通告的时候，他唯一担心的是，这些内容会不会被传到外网上，从而影响学校的声誉。不料，这种担忧很快就成为现实。
2010年9月13日下午，《成都商报》记者在学校办公楼堵住了他，说看到天涯论坛上的帖子，问帖子内容是不是他写的。他这才知道，他的“院长通告”已经被人转到外网且成为热议的对象。他的实名举报也由此变成了公开举报。
变成公开举报后，王亮军说，他并未遭遇多少压力，虽然四川省教育主管部门领导对他提出批评，认为这种做法影响团结，并且对他用“院长通告”发文的方式提出异议，认为发“院长通告”须经组织同意。王亮军对此予以据理力争，并没有因此受到任何处分。
然而，他的举报也没有得到任何实质性的反馈。原本期待在事件公开后上级有关部门会来调查、很快会有结果的王亮军在等了半年未看到动静后，从2011年3月21日起，又陆续在成都医学院内部办公网上发表了16篇被教师们视为“公开信”的文章。这一次，他把这些材料以“王亮军会议发言材料”的形式发表，“因为这些材料我在各种会上都讲过”，再次对包括冯有明在内的多名同事提出指控，内容包括非法融资、挪用公款、违规招标、私调工资档次、学术造假等。甚至提出了“谁监管高校党委书记”、“四川高校党管干部为什么这样难”的反思，并且建议向江苏、湖南等省学习，制定党委领导下校长负责制的实施细则。
这些文章每一发表，即被转到外网，在多个中文论坛里引发了热议。成都医学院一些教师向中国青年报记者表示，他们也参与了转帖和评论，以此表达对新校区建设和教工住宅建设出现问题的不满。
然而，与王亮军的高调公开举报相对应的是，上级部门虽然多次纠正了学校的一些错误做法，却始终没有对他的举报作出有效反馈，他点名指控的对象——党委书记冯有明和纪委书记郭晋，也从未通过公开的途径对他的指控内容作出实质性解释或说明。
9月23日，中国青年报记者拨通了冯有明的电话，他声称不方便接受采访。记者问：“王亮军院长对你公开提出指控，说你违法乱纪，你不作回应吗？”冯有明称：“领导干部有意见，应当通过组织渠道向上反映。大家都在网上搞的话，不利于问题的解决。”他还称：“王院长有他自己的风格，我也有我的风格，我是通过组织的渠道向上反映，不通过媒体来解决”。(记者 叶铁桥)
