1950年新年过后，杜鲁门实行抛弃台湾的政策，毛泽东赴莫斯科同斯大林结盟，人民解放军继攻下海南岛之后正酝酿攻打台湾，使台湾的政局更加动荡不安。大学生在校园内“扭秧歌”、事业单位“护产待变”，撤退来台的人打算再度开溜，中共地下党准备起义接收，再不拉下颜面进行改造，结局只能是“坐以待毙”了。

　　在这样一种情况下，1950年3月1日，蒋介石正式复职，他将大陆失败的责任一概推给李宗仁，开始着手收拾残局，苦心经营台湾孤岛。蒋介石认为，台湾目前局势不稳，以前大陆的一套人事显然不适用了，要稳定人心，必须调整人事，因此，他大幅度地更换了各级行政人选。其中包括：提拔陈诚担任行政院长，以取代阎锡山；派吴国桢为台湾省主席；提拔年青的周至柔任国军总参谋长兼空军总司令，非黄埔出身的孙立人为陆军总司令，海军总司令仍由桂永清担任；蒋经国为国防部政治部主任。

　　对于特务工作，蒋介石依然十分重视。还在1949年7月，蒋介石就在高雄成立了“政治行动委员会”，召集人为唐纵，主委周至柔，成员有蒋经国、郑介民、毛人凤等。其基本任务是统一所有情报工作，并使之充实强化。到了1950年，“政治行动委员会”改为“总统府机要室资料组”，并规定举凡一切党政特务机构，均归其管辖指挥。实际上，这个总统府机要室资料组取代了原中统、军统的一切业务。

　　紧接着，蒋介石召集2000名高中级干部发表演讲，对国民党在大陆失败作了一次富于感情色彩的检讨，他说：“要不惜牺牲感情与情面，虚心接受在大陆失败的教训，进行彻底改造，愿为‘反攻复国’大业鞠躬尽瘁，争取最后胜利。”听了蒋的这一番“肺腑之言”，许多国民党官员潸然泪下。20多年来，蒋介石一直是国民党的大独裁者，一贯以“完人”自居，如今能不顾脸面当众认错，的确能起到笼络人心与鼓动作用。