1950年7月12日，在台湾的国民党中央执、监委员240人联名上书蒋介石，要求实施本党改造，清算“CC”派。对此，蒋介石不得不作认真考虑。他与二陈的关系虽然渊源深远，但在目前情况，他深知，要渡过难关，必须倚恃忠心的军队和美国的援助，他不能得罪军方实力派陈诚，也不能为了二陈而失去美国的援助，因为美国人对二陈，特别是对陈立夫十分反感。同时，他要将大权传给儿子蒋经国，不赶走“CC”派势力，就不能铲除蒋经国当权的阻力，经过深思熟虑和反复权衡，蒋介石终于下定决心，向陈果夫、陈立夫开刀。

　　1950年7月22日，由于吴稚晖联合在台的国民党委员214人联名上书，支持蒋介石彻底实施国民党改造，加以朝鲜战争爆发，美国放弃“袖手”政策，使台湾获得安全保障，蒋介石在国民党中常会临时会议中再次搬出《中国国民党之改造案》。7月26日，蒋介石在台北某宾馆主持召开国民党中央执行委员会茶话会，到会委员计150人，他当众宣布：中国国民党中央改造委员会即将成立，该委员会由陈诚、蒋经国、张其昀、张道藩、谷正纲、陈雷屏、胡建中、袁守谦、崔书琴、谷凤翔、曾虚白、萧自成、沈昌焕、郭澄、连震东等16人组成。

　　国民党中央改造委员会的名单，基本上反映了蒋介石权力的分配模式是党政军搭配，均任命自己嫡系出身的人。如陈诚、袁守谦是黄埔出身，代表军队及情治系统；张其昀、谷正纲等是党团出身，代表党务系统；胡建中、曾虚白、崔书琴代表党的文宣系统；为体现地方色彩，还吸收了台籍的连震东。这批改造委员会部分人担任过蒋介石的秘书，基本上都是蒋介石的心腹。而大陆时期党政军界的显赫人物如阎锡山、何应钦、孙科、翁文灏、朱家骅、白崇禧等，一个也没有进入党务决策圈内，只是成了有名无实的“中央评议委员”。

　　从事党务工作二十余年，素以蒋介石得力助手自命的陈氏兄弟，竟然未在名单中出现，有人会以为是蒋介石太不讲情面，固然不无道理，但归根结蒂，还得说因为二陈积怨太深。他们与蒋氏父子的恩恩怨怨前文已有交代且不重叙，只说他们与其他实力人物的矛盾也绝非一家两家。

　　他们与台湾的另一个实力派陈诚的关系就曾搞得很僵。陈诚在大陆时常遭“CC”派指责。到台湾任主席乃至“行政院长”后，采取的一些措施，又屡遭“CC”派操纵的“立法院”非难。特别是围绕“行政院”授权问题，闹得沸沸扬扬。依照民国宪法，“行政院”应向“立法院”负责，所颁行政命令必须经“立法院”批准才具有法律效力。在李宗仁代理总统时，蒋介石为了使亲蒋的何应钦能以“行政院长”身份抗衡李宗仁，曾私下指令“CC”派掌握的“立法院”授予“行政院”以行政命令代替法律的特权。这项特权，在李宗仁赴美后，已由“立法院”开会宣布收回。1950年，陈诚取代阎锡山升任“行政院长”。陈诚组阁后表示，希望“立法院”能再度授权“行政院”，使行政命令具有法律效力。当时挂着“立法院长”头衔的孙科不肯到台湾来，“立法院”的工作由副院长陈立夫主持。一天，当着蒋介石的面，陈诚向陈立夫交涉此事，却被陈立夫婉言拒绝了。这对此时的陈诚来说，已是忍无可忍了，他绝对放不过陈立夫。