1996年，美国又将航母战斗大队改为核心航母战斗大队，由1艘航母和2至3艘导弹巡洋舰为核心，在担负具体作战任务时，每个大队再配属4至7艘水面战舰、1至2艘攻击型核潜艇和1至2艘后勤舰船。2003年，美国海军为提高航母兵力的快速反应和部署能力，再次对航母编队的编成进行全面改组，规模进一步缩小，各航母编队内的护航舰艇被减至5至6艘，标准编成为1艘航母、1艘“提康德罗加”级导弹巡洋舰、2至3艘驱逐舰、1艘核动力攻击型潜艇及1艘快速支援战斗舰。

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