1925年3月12日，一场基督徒式的葬礼在协和大礼堂举行，这是早年是一名外科医生后来成为革命家的孙中山的葬礼。孙中山生命最后两个月的大部分时间，是在协和度过的。1924年的最后一天，孙中山抱病来到北京，连日来不断加重的肝病，让他都已无力宣读那300字的“入京宣言”。此后，有人建议他到东郊民巷的德国医院去，他说：“东郊民巷是租界，我不去。”并最终选择了协和医院。

　　1925年1月26日，孙中山入院，此时他已经不能进食，当日下午外科专家兼协和医院代理院长刘瑞恒主刀为其进行剖腹探查术，确诊为癌症晚期。于2月17日发出病危通知书，最终于3月12日魂归天国。现在的协和医院还保留着一份13页的报告，英文，编号为9954，上面的名字是“孙逸仙”，其中有几张器官标本的照片。长久以来外界都一直以为孙中山死于肝癌，直至1999年海峡两岸学者交流孙中山事迹时，协和医院医生展示了这份报告，才揭示了孙中山死于胆囊癌的真相。