甘家湖梭梭林国家级自然保护区地带性土壤属荒漠一灰棕色荒漠土地带。但由于气候条件、地形母质、水文条件及成土年龄的不同，这里的土壤主要分布有灰棕色荒漠土、灰漠土、风沙土、草甸土、盐渍土等。

　　甘家湖梭梭林国家级自然保护区的植被类型多样，种类丰富，有野生植物270种，濒危物种32种，主要是具有较高药用价值的肉苁蓉、锁阳、罗布麻、枸杞、甘草等，优势树种为梭梭、胡杨、柽柳等，植被类型呈典型的荒漠特征。主要的群落有白梭梭群落、梭梭群落、胡杨群落、胡杨-柽柳-梭梭群落、柽柳-梭梭群落等。白梭梭群落主要分布在保护区南部临近莫特塔尔沙漠的低矮沙丘、沙地及高大沙丘上。

梭梭群落分布在保护区中部冲积平原的壤土地带。胡杨群落分布奎屯河谷，古尔图河旧河床南段及四棵树河流域。胡杨-柽柳-梭梭群落主要分布在奎屯河南岸及古尔图旧河床北段。柽柳-梭梭群落主要分布在保护区北侧的奎屯河南岸，其中主要以梭梭为主，柽柳分布在其中，灌丛较大。依据最新卫星影像照片解译，白梭梭群落在保护区内分布的面积为22412.25公顷，梭梭群落面积为18876.32公顷，胡杨群落面积为3492.64公顷，胡杨-柽柳-梭梭群落面积为3843.32公顷，柽柳-梭梭群落面积为2456.06公顷。

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