1989年，陈水扁亲自披挂上阵，参选“立委”，年底陈以高票当选最后一届“增额立法委员”。

    1990年4月26日，对于两岸中介机构是否违反“三不”原则，应邀回到母校台湾大学的民进党籍“立委”陈水扁及“行政院”研考会“主委”马英九展开激烈辩论。这是陈水扁和马英九在政坛上的第一次交锋。